Historia de los incas y de la conquista.
EL BARROCO CUSQUEÑO I
En 1560, año en que el virreinato adquiere efectiva tranquilidad, el joven escritor mestizo Gómez Suárez de Figueroa, luego conocido como Inca Garcilaso de la Vega parte a España en busca de mejores horizontes. En 1609, publicará en Madrid sus recuerdos y averiguaciones sobre la historia de los incas y de la conquista: los Comentarios reales nos relatan sobre la historia de los incas y de la conquista. En 1560, el virrey Toledo impuso cambios importantes en la administración política de la economía rural con las reducciones de indios, ámbitos especiales de actividad agrícola donde las comunidades nativas producían para su propio beneficio. Puso en marcha las cajas de comunidad de los repartimientos, fondos de ahorro de los propios naturales, administrados por el corregidor, el doctrinero y el cacique. Y en 1576, una real cédula obligó a los hacendados a dar a los indios tierras para cultivos de pan llevar y jornales por el trabajo brindado en las haciendas, promoviendo además obrajes y actividades comerciales dentro de los corregimientos. El propósito de estas medidas era incentivar el consumo y el manejo de moneda entre los indios, y fue el Cusco el principal ámbito de aplicación de tales dispositivos.

Uno de los primeros obispos «nacidos en Indias» fue el canónigo fray Luis de Quesada (1553-1594), criollo cusqueño nombrado obispo de su ciudad natal en 1593, pero que no llegó a ejercer su dignidad por haber fallecido en la travesía de regreso de la consagración canónica en Madrid.
En 1598 se fundó en la ciudad del Cusco el Real Colegio Seminario de San Antonio el Magno, por el obispo Antonio de la Raya. En 1619, los jesuitas establecieron el colegio de San Bernardo. La Universidad de San Antonio Abad, fundada por real cédula de 1692, entró en funciones en 1696.

En 1546 se inició la construcción de los hospitales. Ese año se inauguró el primer hospital de Nuestra Señora de la Piedad que posteriormente sería renombrado como hospital de San Bartolomé y, a partir del siglo XVII, como hospital de San Juan de Dios tras la llegada de la Orden Hospitalaria. En 1558 se fundó el Hospital de Naturales. Ambos fueron los principales hospitales de la ciudad. A fines del siglo XVII se establecería el Hospital de la Almudena administrado por la orden de los hermanos Betlemitas.
La reforma del sistema de encomiendas tuvo excepciones notables en el Cusco, sobre la historia de los incas y su conquista. Se permitió a algunas de ellas conservar el derecho de mayorazgo y el cobro de tributos sobre las poblaciones comprendidas en su jurisdicción. Tal fue el caso del convento de Santa Clara en el Cusco, que poseía la encomienda de Juliaca y la retuvo hasta el siglo XVIII. Otro caso notable fue la encomienda de los Marqueses de Oropesa (Urubamba) cedida por Felipe II de España en 1618, a Ana María García Coya de Loyola, hija del hidalgo Martín García de Loyola y de Beatriz Clara Coya, hija de Sayri Túpac, inca «rebelde» que se acogió a las ofertas de paz del Virrey, cuyo privilegio de mayorazgo afectaba los poblados de San Benito de Alcántara, San Bernardo, Santiago de Oropesa (Urubamba), Yucay y Huayllabamba. El arrieraje y el floreciente comercio permitieron el surgimiento de acaudalados terratenientes criollos, como don Diego de Esquivel y Jaraba, nativo del Cuzco, que merced a su fortuna pudo hacerse Marqués del Valleumbroso a mediados del siglo XVII.
Un devastador terremoto ocurrido en el Cusco el 31 de marzo de 1650, permitió hacer planes audaces de renovación de la ciudad, y fue el obispo Manuel de Mollinedo y Angulo el animador y mecenas de muchas obras de arte y edificaciones importantes. Hizo construir la iglesia de Nuestra Señora de La Almudena, que incluyó una hermosa efigie de la Virgen hecha por Juan Tomás Tuyro Túpac; asimismo, facilitó la construcción de la iglesia de San Pedro, de la sede de la Universidad San Antonio Abad, en 1669, y el templo de San Sebastián (1678). Protegió el desarrollo de la escuela de pintura cusqueña, que tuvo como prominente representante a Diego Quispe Tito. El famoso púlpito de San Blas lleva, a manera de homenaje, el escudo de este prelado. El obispo Mollinedo igualmente edificó iglesias en Maras, Juliaca, Paucartambo, Ayaviri, Lampa y Mañaz y demas sobre la historia de los incas y su conquista.
La catedral del Cuzco se empezó a construir en 1538, pero por efectos del terremoto de 1650, las obras se interrumpieron y fue concluida y consagrada en 1735. La iglesia y convento de Santo Domingo, erigidos sobre lo que fuera el templo incaico del Coricancha, se erigió en los primeros años de la conquista, pero tuvo que reconstruirse después del terremoto de 1650. Otro tanto ocurrió con el convento y capilla de Las Nazarenas, edificados sobre el Yachaywasi (escuela) de los incas. Esta misma circunstancia obligó a reconstruir la iglesia de la Compañía de Jesús, una de las más hermosas de América (los jesuitas hicieron importante obra social y educativa, pero fueron expulsados del Perú y de todo el imperio español en 1767); también se reconstruyó la iglesia de La Merced, la iglesia de San Sebastián y el convento de Santa Catalina. La iglesia de Santa Clara es una de las pocas que se mantuvo intacta después de aquel terremoto. La experiencia del sismo de 1650, permitió depurar las técnicas de edificación monumental, dando lugar a portentosas edificaciones religiosas y seglares de estilo barroco mestizo, tan firmes como admirables.
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